Vindo da capital para morar com seu tio por um ano em Inaba, Yuu Narukami é o protagonista da série. Na cidadezinha rural onde ele foi parar ocorrem casos misteriosos de assassinatos quando há neblina após chuvas fortes, além de rumores sobre um canal de TV apenas presente à meia-noite, o Mayonaka TV, no qual dizem que alguém pode encontrar sua “alma gêmea” ao encarar a tela da TV. Depois de escutarem comentários sobre um recente e não-resolvido assassinato durante o período de neblina, Yuu e seus colegas de classe Chie Satonaka e Yousuke Hanamura discutem como cada um deles tentou assistir ao misterioso canal Mayonaka TV e puderam ver no mesmo a vítima deste crime. Yuu, naquela noite, percebe durante a meia-noite que durante a exibição do Mayonaka TV, seu corpo pode atravessar sua TV e ir parar em uma outra dimensão devastada por inexplicáveis monstros, os Shadows. Após esta descoberta, ele e seus colegas decidem explorar a dimensão e lá encontram pela primeira vez Kuma, uma estranha criatura que lembra um urso e também um habitante de lá. Assim, descobrem que Mayonaka TV e os misteriosos assassinatos de Inaba parecem ter uma conexão e que as vítimas podem ser meramente vítimas do próprio canal. Os adolescentes, então, decidem resolver o mistério por detrás destes crimes explorando o novo e fantástico mundo de Mayonaka TV com o auxílio de misteriosas entidades chamadas Persona. 

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